تحلیل و بررسی کنفورماسیونی دی‌پپتید محافظت شده For-L-Ser-L-Ala-NH2 با استفاده از محاسبات کوانتومی: مطالعه‌ای به روش DFT

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

دانشگاه ازاد اسلامی واحد شاهرود

چکیده

ددر این مطالعه کنفورماسیون‌های مختلف دی‌پپتید For-Ser-Ala-NH2 ‌با استفاده از روشDFT درسطح محاسباتی B3LYP/6-31G(d) مورد بررسی و تحلیل قرار گرفته است. بدین منظور 54 کنفورماسیون حاصل از تغییر زوایای دووجهی زنجیر جانبی سرین و زنجیر اصلی دی‌پپتید Ser-Ala ( و ) را بهینه نموده و با استفاده از محاسبات فرکانس در سطح مشابه ساختارهای پایدار و مقادیر ترمودینامیکی مربوطه بدست آمده-اند.
از بین 54 کنفورماسیون‌های مورد بررسی در این پژوهش، 35 کنفورماسیون یافت شدند و 19 کنفورماسیون یافت نشدند. کنفورمرهایی که یافت نشدند به ساختار هندسی دیگری با سطح انرژی پایین‌تر و پایدارتر مهاجرت نموده‌اند. از بین 35 کنفورماسیون یافت شده پایدارترین و ناپایدارترین کنفورماسیون بوده که اختلاف انرژی نسبی بین این دو 64/14 کیلوکالری بر مول است. همچنین از میان 19 کنفورماسیون یافت نشده با ساختارهای کلی و ، مهاجرت به کنفورمر برای باقیمانده‌های سرین و آلانین، بیشترین مهاجرت بوده است، به عبارتی کنفورمر باعث پایداری بیشتر ساختار دی‌پپتید می‌شود.

کلمات کلیدی: دی‌پپتید، For-Ser-Ala-NH2 ، نقشه راماچاندران، زنجیر جانبی ، DFT .

کلیدواژه‌ها